Die Organisation der Fördergemeinschaft entspricht im Wesentlichen der früheren von AGF (Aktionsgemeinschaft Deutsches Fleisch e.V.) und FIP (Fördergemeinschaft Integrierter Pflanzenbau e.V.). Die Mitgliederversammlung wählt den Vorstand, der einen Beirat einsetzen kann. Wichtiges Gremium ist außerdem der Hauptausschuss, der gemeinsam mit der Geschäftsführung die Steuerung der FNL-Arbeit auf der Grundlage der Beschlüsse im Vorstand und in der Mitgliederversammlung übernimmt. Bisher wurden drei Fachausschüsse für die Bereiche pflanzliche und tierische Produktion sowie Öffentlichkeitsarbeit gebildet. Nach Bedarf können Arbeitskreise eingesetzt werden. Der Vorsitzende der FNL ist Gerd Sonnleitner.

(Stand: Februar 2009)